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Les bactéries hétérotrophes acidophiles et neutrophiles constituent la plupart des espèces bactériennes. Les termes "neutrophile" et "acidophile" se réfèrent au pH optimal - la mesure idéale de l'acide ou de la basicité d'une substance - de la bactérie. Par exemple, le vinaigre est mesuré en acide, tandis que le bicarbonate de soude est mesuré en tant que base. L'échelle de pH va de 0 à 14, le pH étant l'eau pure au milieu de l'échelle.
Hétérotrophes neutrophiles
La plupart des bactéries, les neutrophiles, vivent dans le sol ou dans l’eau, et se développent mieux à pH neutre, entre 6 et 8. Si le pH varie bien au-delà de cette plage, la bactérie neutrophile ne survivra pas. La plupart des bactéries qui causent des maladies chez l'homme sont également des hétérotrophes neutrophiles, bien adaptés pour survivre dans le corps humain.
Hétérotrophes acidophiles
Les bactéries acidophiles se développent mieux à des niveaux de pH inférieurs, généralement inférieurs à 6, car elles possèdent des mécanismes biologiques leur permettant de maintenir leur pH interne presque à neutre. Le drainage acide des mines - les eaux de ruissellement contaminées très acides des zones minières - contient une importante population d'acidophiles qui oxydent le sulfure présent dans les minerais métalliques. Selon le Science Education Resource Center de Carleton College, aux États-Unis, le ferroplasma acidophile présent dans le drainage minier acide présentait des niveaux de pH aussi bas que zéro.
Hétérotrophes acidophiles obligatoires
Les acidophiles compulsifs nécessitent un faible pH inférieur à 4 ou 5 pour survivre. La membrane cellulaire des acidophiles obligatoires se dissout à un pH neutre, provoquant la mort cellulaire. Nombre d'entre eux sont également des thermophiles, des organismes qui se développent mieux à des températures élevées et qui se trouvent généralement dans des sols volcaniques. Thiobacillus ferrooxidans, est probablement la bactérie acidophile à l’oxyde de fer la plus étudiée.
