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Les champignons sont un groupe de micro-organismes classés dans un règne distinct de plantes et d'animaux. Ils sont abondamment trouvés dans un certain nombre d'environnements et vivent des vies indépendantes, dépendantes (parasitaires) ou mutuellement bénéfiques. Les champignons sont vitaux pour maintenir le bon fonctionnement de l'écosystème en décomposant la matière morte et en libérant des nutriments vitaux dans le sol et dans l'atmosphère.
Champignons saprophytes
Les champignons saprophytes (ou décomposeurs) constituent le plus grand groupe de champignons présents dans le sol. Ils transforment la matière morte ou en décomposition en acides organiques, en dioxyde de carbone et en biomasse fongique (ou en leur propre corps). Ils décomposent la matière organique dure, comme le bois, en consommant ses nutriments et en l'immobilisant dans le sol. Les champignons saprophytes sont capables de décomposer la cellulose, la lignine (qui décompose libère le carbone essentiel qui est utilisé par de nombreux organismes) et les protéines. On les trouve généralement autour d'animaux morts, d'insectes, de feuilles et d'arbres tombés. Des exemples de champignons saprophytes comprennent Pleurotus ostreatus (pleurotes), Lentinula edodes (shiitake) et Stropharia rugosoannulata (Stropharia rei).
Champignons mutualistes
Les mutualistes sont un groupe de champignons qui forment des relations mutuellement bénéfiques (relations dont les deux espèces impliquées bénéficient) avec les plantes. En général, ils poussent sur les racines des plantes et les aident à obtenir des nutriments (comme le phosphore) du sol. Les champignons mycorhiziens sont un groupe de mutualistes qui poussent dans les racines des plantes. Il existe quatre groupes principaux de champignons mycorhiziens, dont les orchidées, les éricoïdes, les ectomycorhizes et les arbusculaires. Près de 90% de toutes les plantes forment des associations mutuellement bénéfiques avec les champignons mycorhiziens. Des exemples de champignons mutualistes comprennent ceux des familles Zygomycota et Basidiomycota.
Champignons pathogènes
Les champignons pathogènes envahissent votre plante hôte et décomposent la matière vivante. Ils éliminent les nutriments essentiels de leurs hôtes, ce qui affaiblit la plante et finit par mourir. Les champignons pathogènes pénètrent dans une plante à travers sa peau externe (épiderme) ou se développent à l'intérieur de sa stomie (trous de respiration). Ils infectent une plante et la font mourir, ou la laissent vivre tout en volant des nutriments essentiels à la plante vivante. Les maladies des plantes causées par des champignons présents dans le sol comprennent la pourriture, la tache noire, l'ulcère, la rouille, la maladie de Rhizoctinia, la pourriture des racines et la verrue de la pomme de terre. Les champignons pathogènes se trouvent couramment dans le sol au début de la récolte. Des exemples de champignons pathogènes comprennent Pythium, Rhizoctonia, Phytophthora et Verticillium.
